若用离子交换层析分离物质，以蛋白质为例，离子交换层析中，基质是由带有电荷的树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，除---根树脂供应商，当蛋白质处于不同的ph条件下，其带电状况也不同。阴离子交换基质结合带有负电荷的蛋白质，所以这类蛋白质被留在柱子上，然后通过提高洗脱液中的盐浓度等措施，将吸附在柱子上的蛋白质洗脱下来。结合较弱的蛋白质首先被洗脱下来。反之阳离子交换基质结合带有正电荷的蛋白质，结合的蛋白可以通过逐步增加洗脱液中的盐浓度或是提高洗脱液的ph值洗脱下来。
阴离子交换柱的填料是正电填料，在低盐条件下可以通过电荷相互作用吸附样品中的阴离子和负电荷物质（如dna）.这些带负电的物质由于其带电量不同，分子大小不同，因而与正电填料之间的结合力也就不同.用梯度的氯离子（一般用---梯度，例如从100mm---线性梯度升高到1m---）洗脱挂柱样品时，氯离子会和结合上的物质竞争结合正电填料，伴随着氯离子浓度的不断升高，氯离子的竞争作用越来越强，与填料结合的物质会按照亲和力从弱到强依次洗脱下来，形成独立的洗脱峰，从而将这些物质分开.
阳离子交换柱与之正好相反，除---根树脂厂家，柱子填料为负电荷，用钠离子洗脱结合的正电物质.
阴离子交换树脂，尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应，从而导致有色物质的产生.
阴离子交换树脂吸附糖以后为什么会变色
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